На старте сезона 2013/2014 Гюндоган травмировал спину, после чего восстанавливался больше года. Он вернулся на поле в октябре 2014 и смог набрать былую форму – ту, в которой пребывал, когда помогал Боруссии выйти в финал Лиги чемпионов.

"У меня ушло 14 месяцев, чтобы восстановиться после той травмы. Это довольно большой промежуток времени. Я не хотел делать операцию слишком рано, ведь решиться на нее нелегко, особенно для футболиста. И, конечно же, это опасно", — рассказал Гюндоган. "Я действительно боялся, я не знал, смогу ли когда-то вновь играть в футбол. Мне было сложно, однако благодаря поддержке семьи, друзей и товарищей по команде, я справился". "Никогда не терял концентрацию, делал все для того, чтобы вернуться на поле. В конце концов, я решился на операцию. Я нашел действительно хорошего доктора, который сделал все очень хорошо. Это оказалось верным решением. После трех месяцев восстановления я вернулся на поле. Иногда жизнь – действительно странная штука".