Аргентинський форвард пройшов через усю дитячо-юнацьку систему Індепендьєнте, вперше дебютувавши за головну команду віком 15 років.
О 18 Серхіо перебрався до мадридського Атлетико, звідки 2011 року перейшов до Манчестер Сіті. За словами самого Агуеро, після закінчення чинного контракту з "міщанами" він планує повернутися на батьківщину. "Виявляється, Мілан і Реал зацікавлені в мені. Не пам'ятаю, де я прочитав подібне, але якесь із видань написало, що вони можуть зіпсувати мрію Індепендьенті", — сказав Серхіо. "Я дійсно планую повернутися в Індепендієнті в 2019 році, коли мій контракт із Сіті добігатиме кінця". "Я завжди хотів вчинити саме так. У мою поточну угоду включено опцію продовження ще на рік, але у пріоритеті у мене повернення до Аргентини". Нещодавно Агуеро став найкращим бомбардиром в історії Манчестер Сіті, забивши у синій футболці 178 гол.
